Adamos

Уже упомянутый взлом PEAR бурно обсуждали на ОпенНете.
Сходились на том, что PEAR умер за ненужностью, ибо есть, например, Composer.

Все это рукоблудие оправдано только в случае небольшого числа городов (а их, возможно, проще будет вручную просклонять, чем выдумывать алгоритмы). Плюс потом вы воткнетесь в то, что ваша страница выдает "Я в Владимире" (реальный косяк сразу после обновления сайта Мосигры, например).
Есть же серьезная база - phpMorphy. От него и плясать.

/vendor/{your_company}/{project}?

Глупо молиться на SOLID, KISS и прочие часто цитируемые вещи. Они - не катехизис и единственно правильный путь, они - всего лишь идеи, помогающие взглянуть на код не с той стороны, с которой на него смотрит разработчик, и уменьшить связность, например.
Это все равно, как если бы вы занимались изобретениями и проверяли не успешность решения ими поставленной задачи, а соответствие этого решения высосанным когда-то из пальца в попытке систематизировать накопленный опыт принципам ТРИЗ.

Чем меньше программист должен думать над кодом - тем надежнее будет код.
Используя плейсхолдеры или более современные методы работы с базой, вы освобождаете свою голову от рутины (с которой компьютер справляется лучше человека) и можете сосредоточиться на действительно важных вещах.

А во-вторых, код, который никто никогда не правил - никому не нужный код. А тот, кто правит, может не знать, что тут везде раскиданы грабли и надо быть осторожным. Даже если это будете вы сами через год-два.

С Екселем работал человек, которому было удобнее работать с одной простыней. С базой будет работать код, которому нужна логика, а не наглядность. Корячиться с одной таблицей - дурость. Делайте нормальные формы и забудьте уже этот каменный век.

1. Это GET-запросы.
2. В настройках nginx есть инструкция rewrite, позволяющая прогнать url через регулярку.
3. Но, поскольку домены разные, не исключаю, что вам на самом деле нужен вызов cUrl в обработчике этой ссылки.

Нет кодировок, кроме UTF-8, и json_decode - распознает ее! ;)

При отправке формы обращаетесь по ajax к вашему сайту за получением подписи, подставляете ее и только потом отправляете форму. При этом проверяете валидность того, что ввел пользователь (чтобы он не подставил в оплату заказа ценой 100 рублей плату 1 рубль, например).
Подпись, собственно, для этого и используется.

1. Проверить, когда начислялся бонус последний раз
2. Если больше дня назад, то начислить бонус и обновить дату получения

Если бонусы хранятся в базе, то нужно просто собрать эти два действия в один атомарный оператор обновления.

Пишешь на PHP обобщенный вывод данных из запроса в HTML-таблицу.
Если нужен xls - добавляешь HTML-заголовок с кодировкой, отдаешь этот файл с заголовком, в котором сказано, что это xls-файл, любой офис это спокойно воспринимает.
Если нужен pdf - скармливаешь ту же таблицу mPDF. Десяток строчек кода.
Вот и асе.
Главная трудность в том, чтобы выдавать корректные заголовки столбцов таблицы.
Но это за вас никакая сторонняя библиотека все равно не сделает - откуда ей знать, что у вас за данные?

https://secure.php.net/manual/ru/ref.array.php

Во-первых, трудно поверить, что нет кучи готовых решений, разбирающих лог Апача.
Так что задание, очевидно, учебное, на использование языка и понимание, что такое ООП.
Так вот, ООП в РНР - это чтобы один раз сделать грязную работу, и больше в нее не заглядывать, используя готовый и по возможности очевидный интерфейс класса.
У вас же одноразовая портянка, в которой даже имена файлов жестко прописаны в коде, убогие комментарии вместо PHPDoc и вообще ощущение, что ООП вы начали заниматься вчера и считаете его просто возможностью загнать побольше функций в один класс.
Ну, и результат соответствующий. Вам нужно не исправить это решение, вам нужно позаниматься ООП в РНР некоторое время и прийти к соответствующей парадигме в мышлении. А этот класс можете просто выкинуть.

В PHP можно не плодить функции на каждый чих просто из-за того, что у них разные аргументы. Например, так:

$input = SmartInput::parsePost([
  'id' => SmartInput::INPUT_INT,
  'sex' => ['type' => SmartInput::INPUT_ENUM, 'enum' => ['male', 'female', 'none'], 'default' => 'none'],
  'birthday' => SmartInput::INPUT_DATE_OPTIONAL,
  'phone' => ['type' => SmartInput::TYPE_PHONE, 'multiple' => true]
]);

Внутри функции - цикл и case.

На моей памяти ВОМ был действительно нужен только в одном случае: для компиляции UTF-8 исходников в ВижуалСтудии, криворукие программисты которой не справились с автоматическим распознанием кодировки и не осилили сделать настройку, которая позволила бы пользователю задать кодировку принудительно.
В вебе про этот костыль лучше просто сразу забыть. Если проблемы с ним - значит, вы что-то неправильно делаете.

HTML-портянка со вставками %ПОД_ЗАМЕНУ%. Любой офис ее откроет, как родную.
А прогиб именно под M$-офисный формат в данном случае - первый шаг на Темную сторону.

Не претендуя на правильность - личный опыт.
Сайт представляет собой внутренний продукт для работы. Есть куча данных, с ними нужно работать определенным образом.
Типичная страница - это фильтры выборки и таблица с данными. Да, для их обработки могут применяться какие-то иные интерфейсные решения. Да, страница какого-то конкретного клиента или графики для руководства - это отдельная тема. Однако большая часть рабочих страниц строится именно по схеме "выборка - таблица - работа с ее строками".
Для типовой страницы потрудился написать мини-фреймворк, который строит форму фильтров и таблицу результатов по описанию в форме объекта с известными полями. Большая часть полей приходит с бэкенда - начальные значения фильтров, заголовки столбцов, данные пагинации. Здорово уменьшает работу руками... и дает пользователю единообразный интерфейс. А также позволяет централизованно добавлять плюшки вроде сортировки по столбцам, итоговой строчки и т.п.
Для запросов, ответов и прочего здорово подходит встроенный AJAX framework OctoberCMS. Данные удобно представляются моделями, к которым тот же Октябрь позволяет буквально одной строчкой добавить еще и подгруженные файлы. Если нужно дать админу возможность поковыряться в данных - добавляем описание к таблицам БД, и они отображаются на страницах админки.

Если кто-то хочет попинать велосипед - не стесняйтесь ;)

Адрес file:// открывается браузером только в двух случаях.
1. Если это адрес открываемой страницы (непосредственно пользователем открываемой, через меню "открыть" или вбиванием адреса в адресную строку).
2. Если этот адрес - ссылка на странице, имеющей адрес file://
Любые другие варианты считаются небезопасными по умолчанию, и без специально выполненной пользователем перенастройки браузера работать не будут.