Adamos

Теоретически черточек в уникоде много, но реально в офисных текстах, откуда берутся все эти артикулы, можно столкнуться только с дефисом, минусом, коротким тире и длинным тире.
В пыхе три последних можно получить без возни с кодировками, например, декодировав −, – и — в соответствующие символы.
P.S. Ага, неразрывный дефис таки забыл.

Если это просто так лежит в коде - это бэкдор, позволяющий кому угодно выполнить какую угодно команду на вашем сервере (с правами пользователя, от имени которого запущен РНР).
Если до этого кода проверяются права доступа - возможно, у вас такая продвинутая админка ;)

https://www.php.net/manual/ru/function.htmlentities.php

SimpleXML не годится для больших файлов. Для них лучше использовать XMLReader, который не строит в памяти все дерево, а читает узлы по одному. Вычитываете из файла категории и продукты, потом уже сопоставляете одно другому на чистом Пыхе.

Как правильно выставить права, чтобы доступ к сайту имел только один пользователь и nginx?

Добавить nginx в группы www-site1 и www-site2.
Запуск сайтов от имени группы www-data приведет к тому, что пользователи увидят сайты друг друга.

Он меняется - внутри первого цикла while.
К концу цикла он принимает значение в соответствии с последней строкой - и во втором while ему меняться не с чего.

P.S. Код, кстати, чудовищен. Колбаса if-ов заменяется одним компактным массивом и сравнением с ним. А в перспективе, при увеличении количества и/или произвольной динамике значений - выносом этих данных в базу.

Сама по себе процедура особых вопросов не вызывает и решается при помощи toolkit AcImage.

Зачем для такой простой задачи какой-то тулкит, жрущий память на свои абстракции? Валите фотки в папку, которую по крону лопатит convert (на сервере же наверняка есть ImageMagick?) - и никакие ограничения пыха вас не будут парить в принципе.