Вывод: как по мне, то использовать диск без раздела удобнее. Минусов пока не вижу.
на котором находить крутиться веб сервер.
это конечно субъективная оценка, но я сомневаюсь что ТС использует debian в качестве своей "домашней" системы (судя по специфике вопроса)
По последней: если заняться совсем нечем.