Наймите начальника склада, который будет понимать, как организован складской учет. Новые технологии это хорошо, но в автоматизации есть чудесное правило - автоматизируя хаос, получите автоматизированный хаос. Поэтому сначала в той же 1С или даже Excel организуйте логику хранения в ячейках, а уже потом начинайте автоматизировать - например, расставлять маячки для автоматической привязки размещаемого товара в ячейках и т.п.
GPS в данном деле бесполезен как из-за низкой точности позиционирования (около 5-15 метров для гражданского применения), так и из-за невозможности работы рядом с металлоконструкциями или тем более внутри помещений.
И да, если Вы хотите избежать ручной инвентаризации - даже не надейтесь, любое внедрение нормального учета начнется с того, чтобы самим пройтись по всему складу и вручную переписать, что и где лежит.