есть понятие URI (URL)
броузер обращается к сайту
В запросе передается URL , служебные заголовки (авторизация и куки это в заголовках) , также может быть тело запроса ( поля формы, файлы, ajax).
Передать из js в PHP проще всего послав ajax запрос.
На такой запрос чаще всего в ответ получают json (то есть PHP не генерирует html , а посылает нужные заголовки в ответ и кодированные в json данные)
При генерации HTML кода страницы можно аналогично собрать js вставку. Простейшая
<script>
var foo="<?php echo $foo;?>";
</script>