d'Ivan

Собери образ Докера на машине с интернетом, посмотри какие зависимости устанавливаются и куда. Собери все файлы и экспортируй в архив TAR.

Может, упаковать приложения в формате Snap и опубликовать в Snapcraft? Тогда его можно централизованно установить с одного источника.
Или опубликовать Flatpak/AppImage и затем установить на всех компьютерх.

Еще лучше, если можно будет находить файлы с размером совпадающин не только байт в байт, но и задавать диапазон. Например, найти все файлы, которые не отличаются друг от друга более чем на 10 Кб. Но это уже пожелание опционально

утилита ssdeep умеет искать схожие файлы, производя нечеткое сравнение и генерирует хэш-сумму файла.
Уточнение: диапазон нельзя указать. Она сама определяет критерии для сравнения.

Есть вариант проще: использовать системный вызов команды tar с необходимыми аргументами.

Немного сложнее: использовать подходящую библиотеку. Например, libarchive.

Если сильно хочется, то прикрутить
https://github.com/fnep/aplot

Options:

diagram Print the results as a braille character diagram (default).
gnuplot Print the results using a gnuplot subprocess.
table Print the results as ascii table.
csv Print the results as csv table.
json Print the results as json datagram.

Но всё же лучше, как посоветовал Алексей Черемисин
Если хочется по-проще, тогда munin.

Нет смысла создавать свой дистрибутив для этих целей.
Узнай что такое Ansible playbook и как устанавливается ПО и настройки его средствами.

Вопрос: существует ли какая-нибудь утилита, которая будет писать лог типа:

Зачем утилита, если сама программа может писать в журнал?

Сам автор программы задачу не осилил, поэтому сбросил её на меня :)

А сам не можешь найти места, которые обращаются к СУБД и прочим ресурсам, и, в добавок, создают процессы? Найдя их, пиши в журнал.

Используя Linux, SSD с ext4, VS Code и имея частые отключения электроэнергии в электрощите, могу с уверенностью утверждать, что файлы не бьются и открываются без проблем ровно в том месте, где не закончил редактирование кода. Также выработана привычка нажимать Ctrl-S чуть ли не при любом изменении, даже мало-мальском.
P.S. планирую купить UPS.

Да. "реагировать на нагрузку" можно по-разному:
1. слать сообщения админу в 2 часа ночи: "ой, у вас что-то непонятное творится с вашей СУБД. Может, проверишь?". Можно и разработчикам ПО.
2. можно и активно (программно). Например : "так, что тут количеством соединений? Ого! Надо грохнуть эти подозрительные процессы." или типа "давай остановим наше ПО и посмотрим что будет". Есть и более продвинутые средства, конечно. Искать по PMM mysql и другие.
3. ничего не делать и молча наблюдать за происходящим через средства мониторинга СУБД.

Память может сбоить. Например, из-за пыли.
А может, перегрев.

мне просто счётчик для различных скриптов

Memcached/Redis/SQLite

Скрипт с циклом for по маске *.docx , в каждом найденном файле взять первый символ (Unicode) файла, приставить в конце .7z и получится имя файла, куда нужно добавить этот документ в архив. Ну и составить команду добавления в архив. Читать справку по cmd скриптам, 7z.

Скрытые файлы внутри архива?

По-моему, по вводные данные подпадает LXC (LinuX Containers).

Можно сделать веб-морду для утилит

юзер сможет схоронить эти файлы локально.

Пользователь может "схоронить" файлы в поддиректориях домашней директории.

find $HOME -type f -name '<шаблон_для_поиска_по_имени>' -newerct 2022-10-01 ! -newerct 2022-10-02

2.7 ГБ данных - это немало. Может, сработал таймаут. Можно попробовать увеличить его и попробовать снова.
Надо проверить журнал обработки запросов WP. Там должен быть код статуса запроса и более подробная информация.