Капитан Пронин

Память может сбоить. Например, из-за пыли.
А может, перегрев.

мне просто счётчик для различных скриптов

Memcached/Redis/SQLite

Скрипт с циклом for по маске *.docx , в каждом найденном файле взять первый символ (Unicode) файла, приставить в конце .7z и получится имя файла, куда нужно добавить этот документ в архив. Ну и составить команду добавления в архив. Читать справку по cmd скриптам, 7z.

Скрытые файлы внутри архива?

По-моему, по вводные данные подпадает LXC (LinuX Containers).

Можно сделать веб-морду для утилит

юзер сможет схоронить эти файлы локально.

Пользователь может "схоронить" файлы в поддиректориях домашней директории.

find $HOME -type f -name '<шаблон_для_поиска_по_имени>' -newerct 2022-10-01 ! -newerct 2022-10-02

2.7 ГБ данных - это немало. Может, сработал таймаут. Можно попробовать увеличить его и попробовать снова.
Надо проверить журнал обработки запросов WP. Там должен быть код статуса запроса и более подробная информация.

Если нужен универсальный инструмент, тогда asdf.

Можно создать директорию достаточно большого размера на свободном разделе, перенести туда все содержимое /var/lib/docker, установить нужные права на директорию, затем создать символьную ссылку в /var/lib/docker на директорию со всеми данными docker.

Тогда sudo ls -l /var/lib/dockerпокажет
типа /var/lib/docker -> /path/to/var-docker

Тогда нужно переключиться на средства мониторинга MySQL.
Виновником может быть запрос наподобиеselect * from users
без limit.
При наличии большого количества записей может забить весь канал.
Такой запрос от пользователя с достаточными привилегиями покажет какие текущие запросы выполняются долго и что выполняется в тот момент, включая операции по передаче данных по сети.
show full processlist

Непонятный источник. Удали тот бинарник и установи по инструкции с официального сайта.

Установить плагин https://github.com/danhper/asdf-python к asdf.
Если нужно лишь для некоторого проекта, то можно и с Docker.

Какие HTTP запросы тормозят?
Какие файловые операции вызывают эти запросы?
Что происходит с БД в это время?
Сколько одновременных запросов от клиентов во время таких нагрузок?

Я бы постарался получить графики различных параметров во времени, от чего можно отталкиваться для решения проблемы.

Можно установить какой-нибудь munin-node или другие системы мониторинга.

Можно установить тонкий клиент, например, Thinstation