Самое простое - это когда используется облачная PaaS платформа Heroku.
Там при деплое используется команда
heroku config:set param1=value1 param2=value2 ... -a APP_NAME
На обычном Linux сервере - зависит от того какой веб-сервер:
nginx - в файле /etc/default/nginx (Debian)
Apache - в файле /etc/apache2/envvars (Debian)
Любопытно. Тот же контент файла, что и для development?
Поделитесь опытом разврёртывания приложения на Windows с файлами .env. Какую должность занимает тот, который развёртывает приложения RoR? Как у вас налажен процесс синхронизации продакшн среды с предварительными средами? Используется ли виртуализация? Если да, то какая?