log95, в таком случае Service2 и Service3 стоит логически объединить.
А размещать или не размещать сервис в контейнере - это скорее вопрос необходимости, нежели архитектуры.
bpGusar, использовать архив в едином файле не будет удобным решением. Кроме того, при большом размере коллекции итоговый файл будет огромным и если он будет случайно удален, то из-за размера он не будет сохраняться в корзине удаленных файлов.
А какие 2 формата файла самые популярные в коллекции?