Arman, проблема с одним архивом еще в том, что нельзя узнать какая версия данных находится внутри и обычно простые пользователи просто именуют архивы с датой-временем и в одной директории хранят кучу таких файлов и только со временем понимают, что это неудобно. В отличие от репозитория git, например.
Архиваторы работают по принципу хранения на длинной (магнитной) ленте и, в большинстве случаев, представляют из себя длинный файл, в который добавляют файлы с конца. Архив tar тому пример. А в середину файла нельзя вклинить другой файл или обновить, не перезаписав остальную часть. Уж так устроены блочные устройства накопителей. У архива zip небольшое преимущество в том, что каталог архива находится в хвосте файла, а потому можно излечь один файл из архива, не прочитывая последний целиком.
Кроме того, zip - это стандарт, поддерживаемый различными системами.
Системы резервирования данных с дедупликацией данных обычно работают только на добавление. Поэтому, заполнив одну ячейку определенного размера, они переходят к другой и так же работают в режиме append only.
