У нас в команде используется DokuWiki. Есть поиск по документации, история прежних правок и т.д. Удобнее чем Word.
Установка в Ubuntu/Debian Linux проста, через штатный менеджер.
Касаемо документации стоит составить карту различных частей проекта и выставить ссылки на них в иерархии. Можно прикрепить изображения различных диаграмм, ссылки на внешние ресурсы и т.д. Также удобно ссылаться на какие-то внутренние системы, допустим JIRA: [[jira>issue-12345]]
В DokuWiki используются пространства:имён для ведения иерархии.