d'Ivan

Но данных много и я подумал - может стоит их кешировать на стороне сервера? А потом из кеша брать данные и на стороне клиента отрисовывать график?

Само-собой напрашивается использование Key/Value хранилищ наподобие Memcached/TaranTool/Redis.
При построении графика данные для графика сначала ищутся по некоторому ключу, допустим, "reports/report1000". Если такого ключа нет, то данные запрашиваются со стороннего сервиса и кладутся по тому ключу.
Желательно класть данные в кеш со сроком истечения, по истечению которого k/v хранилище само очищает от неактуальных данных.
Хранить данные от стороннего сервиса в кеше можно как есть (сериализованные в строку, конечно), а можно и предобработанные. Хранить можно просто как неструктурированные данные, так и в форматах JSON, XML и других.
Один нюанс: данные должны быть небольшие по размеру, иначе k/v хранилище будет кушать много памяти, поскольку все данные находятся в RAM.

Таблица решений

Можно попробовать диагностировать сеть при помощи Wireshark.
Альтернативно, использовать особый клиент для безопасного соединения, устойчивый к обрыву соединения:
https://mosh.org

SSD поломался. Монтируется только в readonly. Удалось снять резервную копию.

Это как раз указывает на работоспособность диска. Возможно, испорчена лишь файловая система, из-за чего Убунту может монтировать лишь в режиме чтения.
Я бы проверил диск при помощи штатной утилиты fsck.
https://help.ubuntu.com/community/FilesystemTroubl...

Никак. SQLite несовместима по характеру работы с Heroku.
Вот почему: https://devcenter.heroku.com/articles/sqlite3

Nginx/Apache + Passenger
https://www.phusionpassenger.com/library/install/

Вместо Passenger можно взять Unicorn
https://linode.com/docs/development/ror/use-unicor...

Перед начальным стартом приложения дать пользователям возможность выбора языка.

Может быть эти папки имеют выборочную синхронизацию в настройках синхронизации?

В добавок к сказанному у cicatrix
заменить циклы foreach на

Parallel.Invoke(() => DoSomeWork(), () => DoSomeOtherWork());

При помощи библиотеки Task-based Asynchronous Programming
Это избавит от необходимости в

Количество потоков подобрать под конкретное железо, либо (если есть желание заморочиться) можно сделать настраиваемым - начать с 4 потоков, считать среднюю скорость обработки узлов (кол-во узлов в минуту), вводить по одному потоку в минуту, измеряя, увеличилось ли время или уменьшилось. Если время увеличилось - возвращаем прежнее количество, если уменьшилось - добавляем ещё поток, пока не найдём оптимальный вариант.

Нужно указать в настройках Passenger путь к интерпретатору Ruby. Наверно берётся системный.
https://www.phusionpassenger.com/library/deploy/ap...

Документация
Можно подключаться по HTTP.

Поисковый движок Сфинкс умеет индексировать и быстро искать в больших объёмах информации в MySQL и других БД.

ClickHouse оптимизирована по хранению скорости записи/аналитики.
Есть также Druid.

По-моему, 1-й вариант будет быстрее, так как не будет тратиться время на переключение контекста. Так что преимущества может не быть, если говорить о некой абстрактной вычислительной задаче. Но на практике ускорение может быть, когда есть работа с сетью или накопителями данных.
Это моё предположение.

Сам URL-ы генерируются в RoR, а nginx лишь отдаёт контент, не более того.

edgeguides.rubyonrails.org/asset_pipeline.html#cha...

The public path that Sprockets uses by default is /assets .

This can be changed to something else:
config.assets.prefix = "/some_other_path"

Нужно поправить файл config/environments/production.rb

https://stackoverflow.com/a/37918186

Альтернативно, можно вообще хранить всю статику на отдельном CDN сервере:

config.action_controller.asset_host = 'cloudfront.mysite.com'

DNS:
cloudfront (.mysite.com) CNAME --> mysite.cloudfront.com

Можно одинажды настроить виртуальную среду в Vargant (виртуализация ОС) либо Docker/rkt (контейнерная виртуализация). Фишка в том, что (почти) не имеет значения какой дистрибутив Линукса (главное, из современных) и какая версия.
Настройки виртуальной среды хранятся в файлах:
Vargant: Vagrantfile
Docker: Dockerfile

Почитать книги. Допустим, книгу Н. Вирт «Разработка ОС и компилятора. Проект Оберон». Там в том числе описывается создание графической подсистемы ОС Оберон, на языке Оберон, потомке Паскаля.

Можно использовать как key-value хранилища, например Memcached.

В целом, вся платформа WP дырява, также как и куча плагинов, написанных на ней.
Можно попробовать некоторые решения:

1. устанавливать лишь проверенные модули к WP
   
2. как минимум, держать всё ПО всегда обновлённым (ОС + Apache/Nginx/etc + WP + модули) - последние версии с устранением известных уязвимостей CVE.
   
3. правильно настроить веб-сервер (включая upload), права доступа к файлам и папкам, межсетевой экран (firewall), СУБД
   
4. использовать дополнительно WAF