Добрый день.
Прежде всего желаю вам успехов в изучении Java.
Как в IntelliJ IDEA в проекте в директории src создать поддиректории?
В Java мы оперируем не директориями, а пакетами (Package), хоть по сути пакеты и являются директориями.
Нажмите ПКМ на src и выберите New -> Package. Введите название пакета.
Чтобы создать вложенный пакет можно сделать следующее:
1) Выберите при помощи ЛКМ созданный пакет (например, com), а затем New -> Package и введите название нового пакета.
2) Либо есть более простой вариант создания вложенный пакетов - разделять названия при помощи символа "точка".
Когда кликаете ПКМ на src просто вместо указания одного названия например com, укажите com.example.
Также рекомендую прочитать про java naming convention и правила наименования пакетов.
Вот. например -
developer.alexanderklimov.ru/android/java/package.php
https://metanit.com/java/tutorial/3.2.php