посетителей все три перечисленные считают по кукам.
разные алгоритмы,
различия в коде,
порядок размещения кода на странице,
различные алгоритмы фильтрации хитов,
захламленность кук пользователя в каждом из доменов (браузеры имеют разные показатели сохранности кук, и размер отводимого места, ...)
вероятно еще что-то, проще было бы сказать на примере «пациента»