Запускать 2 копии иксов. Как- сходу не отвечу, надо копать. Вперёд, если трудностей не боитесь. Но подозреваю, вы эту проблему не решите. Если окажусь не прав - напишите статью на хабре.
Иначе - если приложение может демонстрировать произвольную часть экрана, но я о таком не слышал. Если вы расширили рабочий стол на два монитрора, то для, скажем так, операционной системы, это одно пространство, и резать его нужно в произвольном месте.