1. Нечто, действительно имеющее древовидную форму — например, деревья каталогов на дисках, деревья сцен в 3D, деревья принятия решений.
2. Деревья поиска — структуры данных, позволяющие добавлять-убирать объекты и позволяющие быстрый поиск по ключу. Например, словари всякие, индексы БД.
3. Так называемая куча — структура данных, позволяющая добавлять-убирать объекты и поддерживающая минимальный элемент в этом множестве. Используется как вспомогательная в каких-нибудь алгоритмах.
4. Двоичное разбиение пространства в 3D — известный способ сортировки от дальних к ближним.
Кроме того, деревья могут не существовать в памяти, а только подразумеваться — в синтаксических разборах, теоретико-игровых обсчётах. Хотя один из вариантов промежуточного хранения разобранной формулы, чтобы потом по ней проводить многократные расчёты — дерево (но чаще используют обратную польскую запись).