Каким-то образом же это делается на крупных проектах.
Крупные проекты покупают право быть subCA. Ну то есть конечно же они не получают сертификата CA, а получают некую возможность самим выпускать сертификаты, подписывая их сертификатом того CA, с которым договорились. Это если нужны сертификаты с признанием. Если же на признание пофиг - для почты например или для внутренних нужд - то просто свой CA подымается и там уже вообще что хочу - то ворочу.
Выпускать сертификат с сотней SAN - верный путь к ошибкам - таймауты на загрузку сертификатов обычно прописываются жестко - не успел, все, пока-пока.