переписать все (написать свои компоненты), большинство компонентов битрикс, в частности catalog.section который выводит товары в catalog.search работают только с одним инфоблоком
Евгений М, причем тут создать cms, я тебе говорю написать компонент - это как раз и позволяет сделать битрикс, сам поиск переписывать не придется.
UPD
я же не предлагаю тебе выходить за рамки, разработка собственных компонентов - это один из аспектов разработки на битрикс, если не умееешь этого делать - считай не умеешь работать с битриксом, совсем.
Евгений М, опишите бизнесовую задачу какую хотите решить.
Компонент catalog.search по сути просто обёртка над двумя другими компонентами search.page и catalog.section. В первом можно использовать несколько инфоблоков, во втором только один.