Возможно, кому-то открою Америку, но.. Мозгами.
Собственно, если нет возможностей использовать *nix'ы, то выход один - сильно повысить граммотность пользователей сетей. Граммотно используемая система не даст ни одного шанса пробратся вирусу в систему, за исключением, офк, огромнейших дыр в безопасности.
То есть, настраиваем групповые политки, только то, что нужно для работы. Остально - или нафиг, или в sandbox'е.
К слову - sandbox'ы интересная штука. Не так давно провёл эксперимент, превзошедший все ожидания: поставил и настроил chromium-based браузер, который всё сохраняет в sandbox'ах. Всё что скачивается попадает, так сказать, в root-овый sandbox. Любой исполняемый файл запускаемый внутри sandbox'а получает свой собственный полностью изолированный sandbox. На чтение - всё в пределах root'а, на запись - только в себя. Единственный способ получить полный доступ к файловой систем - запустить из вне, но это может только админ. Как он превзошёл все ожидания? Да хз, вирусы не измерял, но стало возможным нормально сёрфить прон =)
Ну и ещё - все сервера только *nix'овые, root только с локалки, sudo хочет рутовый пароль, который знает только админ, ssh на отдельные пароли длиной в 8 символов из чего угодно.