Ой.. вообще-то с
overrides:
- files: "*.njk"
options:
parser: "html"
работает если запускать через командную строку, встроенный в webstorm только не хочет с ним работать.
Но это и не важно, синтаксис nunjucks-а портит хорошо так, с html-ом работает хорошо.
Для себя вопрос закрыл, пока не появиться адекватной поддержки nunjucks-а в prettier, запускать его через html парсер смысл не сильно большой, увы.