В итоге чатгпт помог мне с решением этого вопроса. Суть в следующем:
В WebStorm 2023+ раздел "Node.js and NPM" был переименован в "Node.js", и функциональность управления зависимостями через интерфейс действительно убрали.
Раньше в этом разделе можно было видеть список глобальных модулей, их версии и обновлять их прямо из WebStorm. Теперь этот функционал доступен только через терминал (npm list, npm update и т. д.).
Одним из решений похожих на старый функционал служит следующее GUI-решение:
Установи npm-gui глобально:
npm install -g npm-gui
Запусти в терминале:
npm-gui
Откроется веб-интерфейс, где можно управлять пакетами.
Это действительно удобно, так же как и раньше в разделе Node.js and NPM.