Нужен домен контроллер, из бесплатных на базе linux samba, для этого нужна отдельная машина, хватит чуть ли не малинки, можно воспользоваться облачными решениями (лучше настроить самому на vps-ке), потребуется vpn до них (не обязательно делать так чтобы интернет шел через него, только локальная сеть). Правда без доступа к домен контроллеру будут сложности.
Без домен контроллера придется колхозить, вариантов много но все они страдают разными проблемами.
Например, помимо ярлыков и файлов есть настройки приложений, которые хранятся как в виде файлов Local и AppData в профиле пользователя, так и в реестре. А еще есть глобальные для локальных пользователей но в пределах одного компьютера настройки приложений, они так же хранятся в реестре либо в каталоге c:\ProgramData (кстати эти настройки домен контроллер не синхронизирует)
Если вам нужны только файлы то решений миллион, рекомендую синхронизировать файлы с помощью syncting (бесплатно, не требует интернета, при этом работает через него при необходимости, простое, многофункциональное - всякие дропбоксы едут лесом, не кормите их своими данными). из недостатка, на время синхронизации обе машины должны быть включены, либо добавляйте третью.
Еще вариант, сделать стационарную машину 'сервером', т.е. пусть она не выключается, тогда вместо копирования можно указать ярлыки на ноутбуке на соответствующие каталоги сервера, все будет открываться по сети (с ярлыками так не сделаешь).
Универсальной прозрачной синхронизации настроек и установки приложений я не видел, под linux такие есть, но не под windows.
