Очень мало плагинов подчищают за собой. Поэтому играть с выбором плагина надо на том поддомене, базу которого можно грохнуть. А как только выбор сделан - переносить на production сайт.
Если вы нашли плагин, что не подчищает за собой - напишите автору. на потоке часто забывают про эти мелочи. Или отсутствие тестов и потом закрадывается ошибка в обновлении или что-то добавляется новое, а к хуку деинсталяции забывают привязать. Автор скажет вам спасибо и исправит
Смена имени папки если плагин не использует абсолютных путей не влияет ни на что
Активация/деактивация, если плагин имеет настройки - естественно оставляет следы в базе, вплоть до собственных таблиц
Когда плагин удаляется, по хорошему он должен чистить все свои хвосты, но сейчас очень мало какие из плагинов так делают.