По сути нет прям таких особенностей, кроме, пожалуй, того, что в контентных тегах не должно быть классов, тоесть, все что может быть выведено из статьи функцией the_content() должно быть оформлено по тегам, завязанным на общий класс обертки контента.
С другой стороны, когда точно знаешь, что вёрстка под вордпресс, то можно упростить задачу себе или тому, кто будет интегрировать и в каких-то местах использовать те классы, которые использует вордпресс. Самый яркий пример это многоуровневое меню - для того чтобы его посадить придётся разобрать класс walker_nav_menu, и на основе его написать свое решение. Всё остальное обычно сложностей не вызывает.
Бывает наоборот - в вёрстке ты используешь случайно класс, который есть в вордпресс, например cat-item, и неожиданно список категорий в виджет получает ненужное оформление