Самое быстрое и простое:
1) Выгрузить табличные части в таблицы значений и свернуть по номенклатура с итогами по количеству (но случай, если в отличии от СФ в РТиУ дробили данные по аналитике затрат)
2) Делать обход циклом строк по одной таблице и делать поиск соответствующей строки во второй:
2.1) Если строки нет, то выводить сообщение, что такой-то номенклатуры в РТиУ нет
2.2) Если строка есть, но количество не то, то выводить сообщение про наличие дельты.
3) Найденную строку второй таблицы после сравнения количества удалять из второй таблицы.
4) После окончания цикла по первой таблице, сделать цикл по второй таблице и сообщить, что в отличии от СФ в РТиУ появились новые позиции с таким-то количеством.