Зависит от используемой файловой системы, но если вы регулярно пользуетесь этой флешкой и переносите такое количество файлов, то не исключено, что у вас сильно разрослась MFT.
Попробуйте вот что: сначала скопируйте всё содержимое на жёсткий диск, а потом либо отформатируйте флешку, либо вообще (чтобы наверняка) прогоните тест записи программой наподобие
Р.тестер.
Достаточно будет затереть первые 10% от объёма, но можете сделать и полный тест - графики детальные, если есть провалы, то вы чётко их увидите. Затем отформатируйте флешку и посмотрите изменится ли скорость.
Также для копирования попробуйте вот эту программу, на жёстких дисках она сильно ускоряет процесс:
https://portableapps.com/apps/utilities/fastcopy-p...
Обе программы бесплатные и не требуют установки.