Технически можно сделать множеством способов
1. вы просто через порбел добавляете сервер нейм
2 или через сервер алиас, то же самое в nignx (там директивы по другому называются но так же через пробел)
ну если у вас веб панель то там как правило есть место где можно их вводить, так же через пробел.
<VirtualHost *:82>
DocumentRoot /var/www/clients/client132/web171/web
ServerName 3dpaneli.ru site.ru site2.ru
ServerAlias www.3dpaneli.ru site5.ru
ServerAdmin webmaster@3dpaneli.ru
ErrorLog /var/log/ispconfig/httpd/3dpaneli.ru/error.log
3. Создать 2 отдельных сайта с двумя разными доменами ведущими в 1 папку.
4. это третий вариант но вместо одной папки у сайта разные папки, одна из которых является симлинкой смотри ман по баш
ln -s
5. два сайта у ведомого сайта nginx проксирует на первый через proxy_pass
6. mod_proxy - аналог 5 для апача.
7. На сервере всего один сайт и он лежит в папке без явно указанного домена например
listen 80 default_server;
( такая конфигурация у чисто установленного апача или nginx) в таком случае любой домен сославшийся на этот айпи будет открывать один и тот же сайт.
Реально же вам должно хватить первых двух