В линуксе графика делится на несколько уровней:
* Консоль с одним шрифтом текстовая графика, фреймбуфер.
* Графическая подсистема Xorg(иксы) много шрифтов, много фреймбуферов, процедуры отрисовки.
* Интерфейс отрисовки контролов(кнопки, текстовые поля, галочки, вкладки) - gtk, qt, tk
* Оконный менеджер - сворачивание, разворачивание переключение между окнами, отрисовки оформления.
* Окружение рабочего стола - значки, виджеты, панель задач, управление рабочими столами.(gnome, kde)
Так вот я считаю что вам достаточно GTK - одно окно на весь экран, пара вкладок. Даже если окно всплывающее будет, то без менеджера окон его просто не перетащить и не закрыть - просто должно быть две кнопки ок и отмена, и оно должно быть поверх до закрытия из программы.