Нашел способ
location ~* ^.+\.(.+)$ {
try_files $uri $uri/ /index.php?$args;
log_not_found off;
}
Любая строка от начала - ^.+
Символ точки - \.
Любое расширение - (.+)
Отдаем на обработку php - try_files $uri $uri/ /index.php?$args;
Теперь если не существует файлов с любым расширением (html|css|zip|txt) будем отправлять на index.php.
Также 404 страницу можно на php настраивать.