Да, они отличаются, и значительно. А какой "Unix" собираетесь учить, и какой "Linux"? Из живых юниксов осталось всего три BSD: FreeBSD (и ее варианты), MacOS (да-да это то самый Apple!), ну и незабвенный Minix. Я не беру расчет всякие RTOS типа QNX - отдельная поляна.
Отличаются набором утилит (хотя везде можно поставить GNU-версии), управлением, поведением, настройками.
Да и дистрибутивы линукса иногда сильно различаются, если смотреть предвзято - Debian и CentOS например.
И что значит выучить? Учить придется не конкретный дистрибутив, а конкретное программное обеспечение, благо оно сейчас практически у всех одинаково. Проблема в другом - есть несколько диаметрально противоположных реализаций одного и того же сервиса - взять Nginx и HaProxy, bind и PowerDNS, KDE и Gnome....
Юникс (как и линукс) тем и хороши, что есть из чего выбрать!
И если учить, то учите основы построения операционных систем, ну и учите конечно же Linux - а другие системы построены по аналогичным принципам.
Если научитесь кататься на велосипеде, то и на мотороллере поедете, и на самокате - принцип движения один и тот же. Но различаются очень сильно!