По мануалу создание EM:
Официальная дока простая же:
https://www.doctrine-project.org/projects/doctrine...
Создаётся подключение, создаётся массив с путями, где лежат сущности и на основе этой инфы создаётся EntityManager
На примере Slim создание и регистрация EM:
Можете подсмотреть как тут настраиваюсь доктрину.
Да, в контексте контейнера, но вы увидите как это все не сильно отличается от оригинального мануала:
www.slimframework.com/docs/v3/cookbook/database-do...
Репозитории:
Репозитории в доктрине либо общие (с ограниченным интерфейсом EntityRepository), либо создаются фабрикой вами или вообще руками как по последней ссылке... Если работали с симфони, то вы знаете, что надо было зарегать репы...