Является ли это "дурным тоном"?Да, магазин — не некоммерческая организация.
Влияет ли как то на SEO?Поисковыми системами доменная зона, как мне известно, учитывается только для определения региональности. .org указывает ПС, что у сайта её, скорее всего, нет. Если это не так, используйте лучше зону с кодом страны.