В почтовом шаблоне пишешь типа Ваш заказ номер #ORDER_ID# и потом делаешь реплейс на ID элемента инфоблока
а если хочу с порядковым номером то ?
Сделай свойство в инфоблоке, перед добавлением нового элемента получай последний элемент и значение этого свойства, +1 и готово, потом по схеме описанной выше.
Просто по логике номер заявки должен предполагать уникальное значение, а это ID элемента или тогда добавляй обработчик чтобы вручную нельзя было менять значение этого свойства, а только при добавлении нового элемента