Мое предложение:
ffmpeg -i файл -c:v libx264 -preset slow -crf 22 -c:a copy результат.mp4
Можно тоже самое в bat-файл, чтобы название подхватывал:
@echo off
:START
if "%~1" == "" goto END
ffmpeg -i "%~1" -c:v libx264 -preset slow -crf 22 -c:a copy "%~1".mp4 -y
shift
goto START
:END
PAUSE
На этот bat-файл нужное видео нужно просто перетащить. Легко переписывается под ответ
Сергей Тихонов
Вот еще ответ по теме.
UP: Технически, ffmpeg умеет не все. Файлы r3d он, например, не переварит. Но я не думаю, что вы с ними столкнетесь.