Прикладное ПО и так не видит клавиатуру и мышь, вместо этого прикладное ПО получает от операционной системы события клавиатуры и мыши. Даже не так. События получает не приложение, а конкретное окно, принадлежащее приложению. Так что задачу можно переформулировать:
Как запретить передачу событий клавиатуры\мыши конкретному окну?