Если у вас нет никаких регламентированных и опеределеных требований по работе 1С, то расслабьтесь, это скорее всего аудит бухгалтерского учета и вас как системщика он не касается, ваша задача предоставить доступ и помочь аудитору (по распоряжению вашего руководства) получить какието данные-выгрузки
Я сталкивался с обоими видами аудита, по безопасности и по бизнеспроцессам. Обычно в обоих случаях предоставляются требования которым надо соответствовать, по этому желательно их стрясти с того кто вам про это сказал ;)