Сразу скажу, не эксперт в таком, все что я написал ниже может не являться действительностью.
Но в теории, ваше приложение, с которым вы пытаетесь взаимодействовать, может отслеживать вызовы API функций из WIN32, таких как движение мышью, клик, ввод текста итд, и не блокировать такие действия в своем интерфейсе. Мышка и клавиатура такому не подвержены, так как являются HID устройствами. Для некоторых игр даже делают читы с помощью arduino и прочего через эмуляцию HID (обычно мыши), так как такое устройство не делает "подозрительных" API вызовов и игра думает, что камера управляется мышью.