Если все файлы лежат в одном месте, то можно сделать следующее:
1) Где-то положить файл php, скрипт будет пробегать по всем сайтам и искать файл, дата обновления которого сама большая.
2) После этого он будет копировать этот файл во все остальные файлы.
Таким образом после обновления любого из файлов можно пускать этот скрипт, и он будет все их обновлять. Также можно поставить этот скрипт в крон, тогда всё будет происходить автоматически.