Вы бы описали хотя бы, причем тут фабрика, что она у вас будет генерить? Если я правильно понимаю то это будет что-то типа фабрики ответа (смотри компонент
HttpKernel)
но вообще стуктура проекта обычно такая:
- web (содержит в себе директории с заливаемыми файлами, асетами, точку входа в приложение и т.д.)
- src - исходники, тут нужно что бы вы раскрыли что подразумеваете под фабрикой в контексте cms. И как вам выше сказали используйте стадарт PSR-4 для организации исходников
- vendor - сторонние зависимости, желательно использовать composer
- var - временные файлы создаваемые в процессе работы системы, типа кэш, логи и т.д.
Так же нужна директория для шаблонов и т.д. Так же конфиги где-то надо хранить...
p.s. посмотрите на уже существующие решения, cms которые появились за последние пару лет (
bolt например). Либо сделайте как хотите и потом переделайте.