Несколько идей не всерьёз:
1. воспроизвести на компьютере юзера короткий звук и одновременно записать "эхо" помещения: сравнивать профиль/спектр;
2. сравнивать время выполнения различных вычислений, составляя "временной" профиль компа из нескольких замеров с точностью в микросекунды;
3. просить пользователя выполнить большое кол-во каких-то действий, напр. мышкой провести через лабиринт, собирая статистический профиль его поведения.
Как, например, журналисты вычислили вероятного автора BitCoin по статистике опубликованных текстов;
4. набор доступных системных шрифтов – интересная идея, вычитал
тут
Наиболее практичным способом считаю уже предложенный
@metamorph evercookie.