В MS Windows при создании PPTP и L2TP-подключения в системе появляется соответствующий виртуальный адаптер, от имени которого и "ходит" трафик данного соединения.
Насколько я понимаю, это по сути просто своеобразный "контейнер" для хранения логина/пароля/настроек соединения. Почему система начинает отправлять трафик от имени этого адаптера, а не физического? С чем связана такая логика работы системы?
Нет, неправильно понимаете. Это вполне себе полноценный сетевой интерфейс (пусть и виртуальный). В линуксах десятки подобных типов интерфейсов. В винде всё скромнее, управление не из консоли ими сильно ограничено, но всё же.
Чтобы разделять 2-ва подключения =) Всё таки ВПН это ещё одно "подключение", пусть и виртуальное. Система роутит трафик между ними (2-мя адаптерами). Это очень поверхностно.