Данные-то шифруются одинаково, но LE - это "решение для бедных". Ну то есть хочется тебе зашифровать сайт, но денег на сертификат жаба давит - идешь и берешь. На три месяца, Потом еще раз. И еще раз... LE выдает сертификаты только на три месяца.
А типов сертификатов бывает несколько. Кроме DV (Domain Validated, самой простой автоматической проверки) - которые только и выдает LE, есть еще OV (Organization Validated, более расширенная проверка, непременный обратный звонок, контакт с человеком, отвечающим за их выпуск в организации, проверка документов конторы etc) и EV (Extended Validated, еще более расширенная проверка - как, не знаю). LE такие не выдает. Да, шифрование одинаковое, но уровень доверия разный. А весь сертификатный бизнес фактически держится на доверии. То есть мы все доверяем тому факту, что если Thawte, Comodo, GeoTrust etc сказали, что "это - контора Васи Пупкина", то мы считаем, что так оно и есть.
Зачем люди покупают OV/EV? Есть несколько причин:
- LE выпускает только ограниченный набор сертификатов - на самом деле их гораздо больше, чем просто DV-сертификат для защиты одного сайта :)
- Бесплатный сертификат на сайте банка, кредитной организации, крупного магазина будет смотреться примерно как директор оного банка или магазина, приехавший на работу на помятой "жучке" - а здесь репутационные потери могут внезапно обернуться финансовыми
- Иногда требуется наличие сертификата от определенного CA
- Понты. Просто понты. EV-сертификаты достаточно дороги, чтобы подчеркнуть "илитность". Вы же не спрашиваете, зачем люди покупают айфоны, когда есть Xiaomi или зачем люди "делают" блатные номера на автомобили. Здесь то же самое.
Для сайта куда ходят два с половиной человека - разницы конечно нет, и сертификат от LE будет работать точно так же хорошо, как и от GeoTrust. Для банков, крупных магазинов (особенно связанных с тем, что называют "излишествами"), любых сайтов, имеющих отношение к обороту денег или хотя бы "фантиков" (у upwork.com например - EV-сертификат от DigiCert) - может быть существенная разница.