как лайт вариант можно рядом(ну или в той же файловой системе) создать каталог с
жесткими ссылками на файлы
cp -lrT dir1 .dir1
наглядный пример
$ mkdir dir1
$ echo 111 > dir1/file1
$ echo 222 > dir1/file2
$ cp -lrT dir1 .dir1
$ tree -a --metafirst --inodes --noreport dir1 .dir1
[ 292] dir1
[ 293] ├── file1
[ 294] └── file2
[ 295] .dir1
[ 293] ├── file1
[ 294] └── file2
$ echo 333 > dir1/file3
$ rm dir1/file2
$ cp -lrT dir1 .dir1
$ tree -a --metafirst --inodes --noreport dir1 .dir1
[ 292] dir1
[ 293] ├── file1
[ 296] └── file3
[ 295] .dir1
[ 293] ├── file1
[ 294] ├── file2
[ 296] └── file3
"копия" создаётся почти мгновенно, место не занимает, удалённые файлы остаются
если нужно почистить от удалённых и уже не нужных файлов то просто пересоздать директорию
$ rm -rf .dir1 && cp -lrT dir1 .dir1
$ tree -a --metafirst --inodes --noreport dir1 .dir1
[ 292] dir1
[ 293] ├── file1
[ 296] └── file3
[ 297] .dir1
[ 293] ├── file1
[ 296] └── file3