У меня такой вопрос - как ограничить доступ java программе во всех местах, кроме папки, к которой находится файл и папки и файлов, которые в ней относятся?
Создайте пользователя от которого будете запускать программу.
Создайте папку где будут данные.
Сделайте chmod на папку с данными
если этого недостаточно установите SELINUX