1. Проверьте права доступа к папке acme-challenge , возможно, веб-сервер не имеет права читать их неё. Нужен '-rx' для юзера, под которым крутится веб-сервер (или его группы).
2. В конфиге веб-сервера должен быть прописан
Alias /.well-known/acme-challenge/ /u/www/virtual/letsencrypt/.well-known/acme-challenge/
и
<Directory "/ваш путь на сервере/.well-known/acme-challenge/">
Options None
AllowOverride None
ForceType text/plain
Order allow,deny
Allow from all
RedirectMatch 404 "^(?!/\.well-known/acme-challenge/[\w-]{43}$)"
</Directory>
3. ваш "файл без расширения" не попадает под регулярку
RedirectMatch 404 "^(?!/\.well-known/acme-challenge/[\w-]{43}$)"
закомментируйте эту строку и перезапустите веб-сервер - файл должен показаться. Но потом раскомментируйте её обратно, это защита от "хакеров".