Можно:
1.включить проверку подлинности на уровне сети
2.не использовать самоподписанный сертификат (завести свой ЦС, генерить на нем сертификаты для сервера и клиентов)
3.использовать только надежные протоколы шифрования
4.включить проверку подлинности клиента
5.изменить порт RDP по умолчанию - опционально
Вот
тут не плохо все описано.
В целом это общие методы для защиты любого соединения (не только RDP) с помощью SSL/TLS.