Работает как из файла header.php, так и из файла function.php, собственно куда лучше всего размещать подобные скрипты? Плюс в настройках самой темы есть место для таких сриптов:
В вашем случае в настройках темы, или для этих целей рекомендую плагин: LuckyWP Scripts Control
Плагин «LuckyWP Scripts Control» позволяет добавлять и управлять произвольным кодом на сайте. Например, вы можете вставить код Google Analytics или Яндекс.Метрики, мета-тег для подтверждения в Google Search Console или Яндекс.Вебмастер, пиксель Facebook, произвольный CSS/JS и другой код без редактирования файлов