Если уж совсем по сути, то вы задали несколько вопросов:
1) Как прочитать ответ из вайбера
2) Как понять к какой сделке относится этот ответ (если он относится к сделке)
3) Как изменить стадию сделки
Отвечая на ваш вопрос "Как изменить стадию сделки", вы можете воспользоваться rest-методом
crm.deal.update (для облака) или CCrmDeal::update (см аналогично для лида
https://dev.1c-bitrix.ru/api_help/crm/example.php)