Вообще, если используется редакция с интернет-магазином и доставка груза основывается на конкретном заказе, у вас есть уже всё для формирования связки:
• заказ–служба доставки–трек-номер;
• заказ–покупатель–пользователь.
Если нужно по какой-то причине пойти другим путём и всё-таки хранить привязку:
Вариант 1: Завести пользовательское свойство пользователю, куда писать трек-номер;
Вариант 2: Завести инфоблок или хайлоадблок, где хранить соответствия кода пользователя трек-номеру. Этот вариант продвинутее тем, что сопровождающие поля можно расширять (добавить дату занесения трек-номера, хранить лог, хранить комментарии или реакцию пользователя, статистику, ...)