Лицензия на сервер 1С: Предприятия не имеет никакого отношения к СЛК - это несколько "из другой оперы".
Лицензия на сервер может быть с аппаратом ключом (х86 фиолетовый ключ с маркировкой ENSR8, х64 зелёный ключ с маркировкой EN8SA) или с программной лицензией. Если аппаратный ключ, то проверьте его наличие и работоспособность. Если лицензия на сервер программная, то она привязывается к параметрам "железа", МАС-адресам сетевых карт, БИОС, а также к версии и дате установки Windows. При обновлении ОС лицензия иногда слетает. В сообщении о том, что лицензия не обнаружена должна быть гиперссылка для получения более подробных данных для технических специалистов, открыв которую можно получить информацию, какой именно из параметров изменился. Если проблема единичная, то проще получить новую лицензию с помощью резервного пинкода из комплекта программы, инструкция есть
тут. Если же лицензии слетают регулярно, то причины надо анализировать и исправлять (чаще такая проблема на вуртуалках) или менять на USB, если проблему решить не удается.