Похоже на историю, когда какого-то сотрудника вообще нельзя уволить, потому что без него все процессы встанут намертво и компания загнется. И вот, этот сотрудник начал опаздывать, а иногда и прогуливать работу. Такого рода ошибки довольно больно исправлять. Но всё же верным будет путь в сторону именно исправления ошибки, а не придумыванием костыля.
Поэтому мудрым будет разобраться, как устроены эти бухгалтерские программы, чтобы их нормально переустановить на чистую систему. Сейчас, возможно, поможет проверить, что с жестким диском всё нормально, а потом проверка системы и обнаружение в ней какого-то мелкого приложения, которое вызывает тормоза. Инструменты для этого есть, начиная от банального диспетчера задач и кончая полноценным мониторингом системы: устройств, процессов, операций с файлами и т.д. Но бухгалтерша должна понимать, что если завтра случится пожар и компьютер сгорит, то разумно иметь бекап и возможность восстановить работу из него.